Противостояние церкви и музейного комплекса «Крепость Орешек» связано с намерениями церкви построить стеклянный купол в форме православного собора и служить службы внутри руин православного собора Рождества Святого Иоанна Предтечи — там, где находится монумент мужеству воинам Великой Отечественной войны. Стороны обозначили свои позиции, компромисс не найден. 

Государственный музей истории Санкт-Петербурга в рамках проекта Совета Европы Castle to Castle («От замка к замку, от крепости к крепости») получил грант на создание в шлиссельбургской крепости «Орешек» многофункционального информационного центра. Начало работ запланировано на 2014 год.